Die Dokumentation ist teils lückenhaft und fehlerhaft. Zum Setup auf Debian 9 ist folgendes zu tun:

apt install apache2 php php-mysql php-ldap php-mcrypt php-cli php-soap php-json graphviz unzip php-zip php-dom php-simplexml php-gd

Bei Bedarf php.ini Parameter anpassen: https://www.itophub.io/wiki/page?id=2_5_0%3Ainstall%3Aphp_and_mysql_configuration

Den Sourcecode nach /var/www/html kopieren und die fehlenden Verzeichnisse anlegen:

cd /var/www/html
mkdir conf
mkdir env-production

Und die passenden Rechte sezten:

chown -R www-data.www-date /var/www/html

Apache noch neu starten, dann läuft das Setup auch ordentlich durch.